以下、特に大学・軍編成は随時更新
（）内の年齢は1561年時点
当主
小佐々弾正大弼純正（沢森政忠）従四位上
正四位下近衛中将（元亀元年六月昇進）
従三位権中納言近衛大将（元亀三年／天正元年一月昇進）
検非違使別当
顧問
沢森政種（父）・・・従五位下弾正少弼
■省庁
戦略会議室
鍋島直茂（24）
尾和谷弥三郎（18）
佐志方庄兵衛（17）
土居三郎清良（17）
宇喜多直家（33）
黒田官兵衛（16）
大蔵省
大臣 太田屋弥市（護衛 井戸作兵衛直道）12
波多正（20）
陸軍省
大臣 深作次郎兵衛兼続（従六位上兵部少丞）
波多隆（26）
陸軍工廠
総括 国友一貫斎（物理学、工学）科技省兼任
陸軍憲兵隊
海軍省
大臣 深堀純賢 従五位上中務少輔
長崎甚左衛門純景（佐世保鎮守府司令長官）従六位上中務少丞
姉川 六太（同上補佐）
籠手田安経（練習艦隊司令）従六位上肥前介
籠手田正安（9）元亀二年練習艦隊乗り組み
海軍工廠
総括 国友一貫斎（物理学、工学）科技省兼任
海軍特別警察隊
司法省
大臣 佐志方杢兵衛（兼針尾・佐世保地区行政長官）39従五位下左京亮
針尾太郎兵衛昌治（同補佐）
佐志方善芳（同補佐）24
堀江大学※
領内情報局
局長 空閑三河守
外務省（旧外交方）
大臣 太田和利三郎政直（従五位下治部小輔）
副大臣 伊集院忠棟
日高資（大和守・51）……隠居
日高喜（甲斐守・22）
次官兼京都大使館大使
小佐々常陸介（正六位下治部大丞）治三郎。
次官補佐兼公使
蜷川新右衛門親長
大使秘書
石田佐吉
オン（情報省）
東国・奥州渉外局
局長 安国寺恵瓊
異国渉外局
局長 景轍玄蘇
松浦鎮信（12）※中国・朝鮮・琉球
松浦九郎親（9）※南蛮（東南アジア・ポルトガル）
柳川調信
柚谷康広
柚谷智広
流民管理局
早岐甚助※
内務省 （旧内務・兵糧方）
大臣 太田七郎左衛門
波多志摩守（隠居）
矢並舎人※
太田利行
天文・気象観測局
太田和九十郎秋政（11）
台湾総督府
総督 若林中務少輔鎮興
北川長助清純
警保寮
肥前警視庁
各国警保所
水上検非所
警備部
消防庁
文部省
大臣 上泉喜兵衛延利
世知原修理※
科学技術省（旧殖産方）
大臣 太田和忠右衛門（物理学・数学）
都蔵寺式部※
太田和（沢森）源五郎秀政（11）物理学・数学
国友一貫斎 技術者 （物理学、工学）
農林水産省（殖産方より分離）
大臣 曽根九郎次郎定政
波多重（23）
情報省（国内・国外情報収集統括）
大臣 藤原千方
大使館内中央東国部門
統括 オン
副大臣 空閑三河守
経済産業省（永禄十二年四月経済産業振興局より省へ昇格）
大臣 岡甚右衛門※
国土交通省（同上、工部省内国土流通整備局より省へ昇格）
大臣 遠藤千右衛門※
海上検非庁
厚生労働省（新設）
大臣 東玄甫
通信省（新設）
領土安全保障省
大臣 赤塚源太左衛門尉真賢
■純アルメイダ大学
医学部
東玄甫
薬学部
東玄甫
数学
太田和源五郎秀政（11）
太田和九十郎秋政（11）
物理学
太田和源五郎秀政（11）
太田和九十郎秋政（11）
宇田川松庵（16）
天文学
太田和九十郎秋政（11）領立天文観測所所長
生物学
地理学
科学
化学
宇田川松庵（16）
建築学
工学
太田和源五郎秀政（11）
農学
造船学
土木工学
語学
教育学部
※織田留学生※（1569年／永禄十二年～）
堀秀政：工学・土木工学
城の築城や改築、都市の整備のため。
毛屋武久：物理学・化学
武器や火薬の技術革新を研究し、戦場での優位性を確保するため。
佃十成：農学
領土内の食糧供給や農業の発展のため。
松井康之：語学・教育学部
外国との交流や文化の導入、家臣や領民の教育のため。
真木島明光：医学部
兵士たちの健康を維持し、戦傷や疾病から回復させるための医療知識を深めるため。
平手汎秀：薬学部
兵士の健康を維持するための薬の開発や研究のため。
可児才蔵：建築学
領土内の建築物や城の設計、改築に関する知識を深めるため。
川尻秀長：天文学
戦術や戦略を計画する際の時間管理や星の動きを研究するため。
奥田直政：生物学
領内の環境や動植物の生態に関する知識を深めるため。（薬草、食料、野生生物）
中等部（1569年／永禄十二年～）
森長可、蒲生氏郷、津田信澄、織田信忠、九鬼澄隆、生駒一正、松浦光、小岐須盛経、稲沢貞昌、神保春茂、牲川義清、芝山秀時、吉田兼宗、鷲見保義、十市忠之、高山ジョアン太郎右衛門（以下ジョアン）
■陸軍
五個師団
第一師団（肥前 諫早城）小田鎮光少将
三個旅団（6,000）18,000名
第二師団（豊前 門司城） 小田賢光少将
三個旅団（6,000）18,000名
第三師団（阿波 白地城）小田増光少将
三個旅団（6,000）18,000名
内 浦戸連隊
湯殿連隊
独立大使館派遣旅団 岡刑部貴明准将
一個旅団（五個連隊）6,000名
第四師団（薩摩 内城）深作宗右衛門兼光少将
三個旅団（6,000）18,000名
内南方旅団
台湾半個旅団（3,000）
ルソン半個旅団（3,000）
種子島分屯隊
歩兵一個連隊
砲兵一個大隊
騎兵一個大隊
第五師団（越中 富山城）神代貴茂少将
三個旅団（6,000）18,000名
■海軍（戦艦・重巡・軽巡・駆逐艦の名称は区分のため便宜上使用しているのみ）
随時改編のため変更あり。
艦隊司令 深沢勝行 従六位上肥前介
三個艦隊から五個艦隊へ増強
洋船以外に関船、小早多数
第一艦隊（佐世保） 司令長官 姉川 惟安中将
旗艦 戦艦金剛丸（500トン）大破⇒佐世保曳航
二番艦
三番艦 重巡加古（400トン）中破⇒佐世保曳航
四番艦
五番艦 軽巡龍田（300トン）小破
六番艦 軽巡球磨（300トン）小破
七番艦 軽巡多摩（300トン）小破
八番艦 軽巡北上（300トン）小破
マニラ沖海戦沈没艦艇
二番艦 重巡古鷹（400トン）沈没
四番艦 軽巡天龍（300トン）沈没
第二艦隊（佐世保） 司令長官 姉川 延安中将
旗艦 戦艦榛名丸（500トン）大破⇒佐世保曳航
二番艦
三番艦
四番艦 軽巡大井（300トン）小破
五番艦
六番艦 軽巡長良（300トン）中破⇒佐世保曳航
七番艦
八番艦
マニラ沖海戦沈没艦艇
二番艦 重巡青葉（400トン）沈没
三番艦 重巡衣笠（400トン）沈没
五番艦 軽巡木曽（300トン）沈没
七番艦 軽巡五十鈴（300トン）沈没
八番艦 軽巡名取（300トン）沈没
第三艦隊（佐世保） 司令長官 姉川 信秀中将
旗艦 戦艦比叡丸（500トン）大破⇒佐世保曳航
二番艦 重巡妙高（400トン）小破
三番艦 重巡那智（400トン）小破
四番艦 軽巡由良（300トン）中破⇒佐世保曳航
五番艦 軽巡鬼怒（300トン）小破
六番艦 駆逐艦灘風 小破
七番艦
八番艦
マニラ沖海戦沈没艦艇
七番艦 駆逐艦矢風 沈没
八番艦 駆逐艦羽風 沈没
第四艦隊（呉） 司令長官 佐々清左衛門加雲 少将（38）
旗艦 戦艦 霧島丸（500トン）41div
二番艦 重巡足柄41div
三番艦 重巡羽黒42div
四番艦 軽巡阿武隈41div
五番艦 軽巡川内42div
六番艦 軽巡神通42div
七番艦 軽巡那珂43div
八番艦 軽巡夕張43div
第五艦隊（呉）
旗艦 駆逐艦汐風
二番艦 駆逐艦白露
三番艦 駆逐艦夕凪
四番艦 駆逐艦初春
五番艦 駆逐艦秋風
六番艦 駆逐艦夕風
七番艦 駆逐艦太刀風
八番艦 駆逐艦帆風
種子島分遣隊 司令 佐々伝右衛門大佐
旗艦 駆逐艦陽炎
二番艦 駆逐艦島風
三番艦 駆逐艦峯風
四番艦 駆逐艦澤風
五番艦 駆逐艦沖風
南方探検艦隊 司令 籠手田安経少将（左衛門尉）⇒従五位下太宰府少弐へ叙任任官
旗艦 富士（200トン）
二番艦 敷島（100トン以下同じ）
三番艦 浅間
四番艦 吾妻
五番艦 春日
補給艦 阿多田（150トン）
探検艦隊は元亀二年（1571）十二月より練習艦隊より分離独立南方と北方に分かれる。
北方探検艦隊
練習艦隊
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